Il toponimo sembra provenire dall'antico nome del fiume, Bondicus. Quella di Bondeno è una lunga storia di alluvioni e di grandi opere intraprese per difendersi dalle acque ed incanalarle in modo da consentire la coltivazione. Nel Medioevo appartenne al monastero di Nonantola per donazione di Re Astolfo, poi fece parte dei possessi di Matilde di Canossa che, all'inizio del XII secolo fece costruire a difesa della città un castello, poi distrutto da Alfonso I d'Este. Devastanti furono le invasioni subite dai veneziani nei primi secoli del Millennio e dai parmensi nella seconda metà del Settecento. Da segnalare la pinacoteca Galileo Cattabriga e la chiesa arcipretale dedicata alla Natività di Maria Vergine, costruita nel 1114 per donazione di Matilde di Canossa.